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阿虚醒来后，凉宫春日消失了，并且从来没有人听说过她的名字。
12月18日凌晨，阿虚像往常一样去北高上学，却发现教室里的座位排列变了，凉宫春日的座位变成了另一个学生。朝比奈实玖瑠不再是学姐而是普通同学，长门有希变成了内向的书虫，古泉一树也只是隔壁班爱打篮球的男生。所有人都说从没听说过“凉宫春日”这个人。阿虚在图书馆找到长门有希，对方推了推眼镜说“你是指三年三班的那个女生吗？她去年转学了。”但阿虚分明记得去年长门告诉他“凉宫春日是这个世界的神”。他在即将崩溃时收到了三年前自己发来的短信：“如果你会看到这条消息，说明我失败了。她有危险，不要来找她，保护你自己。”阿虚必须决定：是留在这个没有神、也没有外星人未来人超能力者的“正常”世界，还是去追一个可能根本不存在的人。
原著级别的忠实度与情感重量。动画组在京都动画版基础上加入了更细腻的演技作画。凉宫春日缺席所带来的“空洞感”被刻画得非常具体，让观众和阿虚一样感到世界缺了一角。长门的那一滴眼泪封神。
